Laboratorievirksomhet

Forskningslaboratoriet

 

Biobank1 har sitt forskningslaboratorium I 4. etasje øst i Laboratoriesenteret. Hovedfokus er molekylærgenetiske analyser. Vi har utstyr for semiautomatisk isolering og kvalitetskontroll av RNA/DNA. Vi har også instrument for PCR, ISH (in situ hybridisering) og TMA (vevsmatriser).

 

 

RNA/(DNA)-isolering

Ved forskningslaboratoriet har vi lang erfaring med å isolere RNA fra celler og vev. Vi har utarbeidet en metode for å automatisere, standardisere og kvalitetssikre produktet og prosessen. Til dette benyttes PreCellys for homogenisering og Qiacube fra Qiagen for selve isoleringen. For kvalitetskontroll brukes NanoDrop og Bioanalyzer. NanoDrop er et instrument som hjelp av spektrofotometri, brukes til å måle konsentrasjon av RNA samt renhet i forhold til kjemikalier og proteiner. Agilent 2100 Bioanalyzer er industristandarden for kvalitetskontroll av RNA prøver. Kvaliteten blir oppgitt i RIN-score som sier noe om fragmentering av RNA, hvor RIN 10 er best og RIN 1 er fullstendig degradert materiale. Bioanalyzer kan også brukes til gelelektroforese av DNA. Teknologien benytter seg av kapillærelektroforese som gjør at analysen er enkel og rask å gjennomføre.

Vi kan i perioder med ledig kapasitet tilby RNA-isolering i småskala med kvalitetskontroll, forutsatt at alle reagenser og kit som skal brukes i isolering av DNA/RNA er kompatible med Qiacube fra Qiagen. Pris vil være avhengig av forbehandling og antall prøver, og må avtales på forhånd. Tidspunkt for gjennomføring av nye prosjekter vil være avhengig av kapasiteten ved laboratoriet.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

PCR - Polymerase Chain Reaction

PCR er også en analyse vi kjører mye ved laboratoriet. I hovedsak er det genuttrykk vi undersøker, og One Step PCR maskin fra Applied Biosystems er det instrumentet vi bruker for å kjøre RT-PCR. Instrumentet kan brukes til alle typer PCR-undersøkelser som genotyping og absolutt kvantitering, i tillegg til semikvantitering av DNA eller cDNA.

 

 

ISH

Vi har etablert en metode for å påvise miRNA i formalinfikserte parafininnstøpt vev ved hjelp av in situ hybridisering. Prosedyren er lang og krevende, men den gir oss muligheten til å studere distribusjonen av utvalgte miRNA i forskjellige typer celler.

 

laboratoriet4 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TMA

TMA er en forkortelse for «tissue-micro-array», eller vevsmatriser oversatt til norsk. Denne teknikken samler flere ulike prøver fra paraffininnstøpt materiale i én ny paraffinblokk – en vevsmatrise. Dette er meget kostnad- og tidseffektivt når man skal gjøre videre analyser på prøvene. For eksempel kan man få utført immunhistokjemiske analyser på et enkelt snitt i stedet for på titalls snitt, og spare penger på reagenser og tid på analyse og evaluering av resultat. Vår TMA maskin er semiautomatisk av typen Galileo og kan ta ut sylindre fra både små og store vevsblokker.

Tillaging av TMA-blokker er en tjeneste vi kan tilby ved laboratoriet ved ledig kapasitet. Pris vil være avhengig av omfang og må avtales.

Laboratoriet3 

 

 

 

 

 

 

Biobanking ved Avdeling for patologi

Ved Avdeling for patologi (AP) - St Olavs Hospital har Biobank1 en 100 % stilling som brukes til uttak av ferskt vev for forskning.

Her kan du se hvordan vi biobanker en ferskfrosset prostataskive fra radikal prostatektomi:

[embedyt] https://www.youtube.com/watch?v=zG3geT3f__Y[/embedyt]

 

 

 

 

 

 

 

 

Biobanking ved Avdeling for medisinsk biokjemi

Ved Avdeling for medisinsk biokjemi (AMB) - St Olavs Hospital har Biobank1 stillingsressurser som brukes til blodprøvetaking samt håndtering, registrering og lagring av blod/blodfraksjoner og andre biologiske væsker.