DNA-methylation biomarkører i blodprøver

Metodeetablering

I dette prosjektet skal vi teste ut om DNA-metyleringsbiomarkører identifisert i vev også kan oppdages i blodprøver fra prostatakreftpasienter.

Vi har ved hjelp av data generert fra Illumina microarray-teknologi identifisert en rekke ulike metyleringsmarkører som kan skille saktevoksende og aggressiv prostatakreft. Disse markørene har vi lyst til å undersøke om vi også kan finne i blodprøver fra prostatakreftpasienter.

På grunn av lav kvalitet og kvantitet av sirkulerende DNA (cfDNA) i serum og plasmaprøver, er denne metoden vanskeligere å få til enn til vanlig, når man gjør de samme analysene på genomisk DNA i høyere konsentrasjon. Likevel mener vi det er et prosjekt verdt å satse på, på grunn av de potensielle bruksområdene til metoden. Få studier har vært gjort på dette før, og det er et stort behov i det vitenskapelige miljøet å kunne standardisere metoden for å komme et skritt nærmere klinisk bruk.

Vi har allerede laget primere til PCR fra de markørene vi har lyst til å undersøke, og funnet ut at de fungerer med standard genomisk DNA i de konsentrasjonene vi forventer at vi har fra serum og plasmaprøvene. På grunn av den ovennevnte lave kvaliteten og fraksjoneringen av cfDNA er det ikke sikkert at primerne gir en reaksjon ved bruk av pasientprøver selv om det går bra med genomisk DNA. Det er vi nødt til å teste før vi kan bruke det i en pasientkohort.

Kvalifikasjoner

Publisert

17. juni 2021